2000年,孔令辉在悉尼夺得奥运会乒乓球男单冠军,实现了个人运动生涯的“大满贯”。但到2004年奥运会前夕,29岁的孔令辉发现了自己的尴尬:在他身边出现了一大批后起之秀。进过一番艰苦的竞争,孔令辉和王皓在队内选拔赛中获胜,拿到了奥运会的入场券。但奥运会上,孔令辉和王皓最终以失败而告终。2007年1月,结束了运动生涯的孔令辉担任了中国乒乓球女队的教练员。2008年,孔令辉将以教练的身份第四次参加奥运会。